30 Haziran 2014

Merhabalar bizimle birlikte bu stajda olmayıp ama bizleri uzaktan takip eden sevgili okuyucularımız;

Bugün 4. haftamıza girmiş bulunuyoruz ve yine haftaya benim yazımla başlıyoruz. Bugün exonlar üstündeki miRNA'leri bulmayı hedefleyen fonksiyonlar yazmamız ile birlikte "miRNA Projemiz" için büyük bir ilerleme kaydetmiş oluyoruz ve bu bizler için büyük önem taşıyor. Bugünkü yazımda sizlerle bu fonksiyonları yazmak için sarf ettiğimiz çabadan, ama onun hemen öncesinde güne nasıl bir başlangıç yaptığımızdan ve en son olarakta günü kapatırken izlediğimiz harika filmden bahsedeceğim.

23 Haziran Haftası

Birlikte çalışmaya başlamamızın 3. haftasını geride bıraktık. Geçtiğimiz hafta neler yaptığımıza dair birçok detay bu blogda ve kişisel bloglarda paylaşıldı, yine de kısa bir özet iyi olur diye düşünüyorum.

Artık yavaş yavaş geri plana çekilmeye başlıyorum çalışmalarda; planlama, kodlama ve süreç yönetimi konusunda ekibimin yeterince olgunlaştığını düşünüyorum. Yine ikişer sunumla tamamladık haftayı, çok daha profesyonelleşmiş ve kişisel imzaların daha belirgin hale geldiği sunumlar dinliyorum büyük bir keyifle. Kodlama sürecinde farklı bir araç olan iPyhton Notebook'u denedik ve proje yönetimi konusunda deneyim kazanmak için üzerinde çalışmaya başladığımız miRNA projesinde bu araçtan faydalandık. Pivotal Tracker ve Wiki kullanarak gerçekleştirdiğimiz dökümantasyonun faydasına ilişin en belirgin gösterge ise, haftanın başında rahatsızlanarak projeyi evden takip etmek zorunda kalan Bihter'in projede geri kalmadan çalışmalarını yürütmesiydi. Burak ve Elif miRNA konusunda birer sunumla temel bilgileri edinmemizi sağladılar, Bihter ise görüntüleme yaklaşımları konulu sunumumu sanki kendisi hazırlamış gibi benimseyerek güzel bir şekilde bizlere takdim etti.

28 Haziran

Merhaba Arkadaşlar,

 Geçen haftadan itibaren kafamızda tam olarak canlanamayan projelerimiz ve ortak projemiz olan Tuna projesi hakkında detaylı bilgileri toplayarak neler yapacağımızın, hangi yolları izleyeceğimizin kaba taslak bir resmini bu hafta tüm ekip olarak çıkarmış bulunmaktayız.

27 Haziran

Ve bugün 3. staj haftamızın sonuna geldik. Bugün bireysel projelerimiz hakkında sunumlar yaptık. Bu sunumların bize birçok faydası oldu hem yeni gelecek ekip arkadaşlarımız için bir hazırlık oldu hemde ortak bir tartışma ortamı yakalayarak projelerimizin daha iyi şekillenmesini sağladı.

26 Haziran- TUNA'nın İlk Taşı

Merhabalar, 

Staj programımız tüm hızıyla devam ediyor. 3. haftamızıda tamamlamak üzereyiz. Artık TUNA projemiz ciddi manada şekillenmeye başladı.TUNA projesi ile ilgili çalışmalarımıza geçmeden önce gün içinde neler yaptığımızdan bahsetmek istiyorum biraz. Bugün güne Ahmet Raşit Hocamızın microArray konulu sunumu ile başladık. Aslında bu konu onun yüksek lisans tez konusuymuş. MicroArray nedir? Nasıl analiz edilir? gibi soruların cevabını aldık. Bu soruların cevabını alırken,aslında arka planda da doğru bir sonuca ulaşmak için biyoinformatikçilere ne kadar çok iş düştüğünü görmüş olduk. Aslında veriyi analiz etmek için gerekli programlamayı yazmak işin çok küçük bir kısmıymış. Asıl mesele o verinin doğru şekilde "Normalizasyon" ile verinin kıyaslanabilir hale getirilmesi ve verilerin bu esnada yanlışlıkla saptırılmamasıymış. MicroArray'in biyoinformatik analizi hakkında daha fazla bilgi edinmek için linkteki bloğu inceleyebilirsiniz.

25 Haziran

Bugün de merhaba...

Bizi takip edip de AG Biyoinformatik'i bilmeyen yoktur. Doğum gününü kutladık bugün AG'nin. Staj ekibimizle hazırlıkları tamamladıktan sonra Hocamız'la paylaştık.  Biraz duygusal biraz eğlenceli, hep beraber çok güzel vakit geçirdik. Nazar değimesin çok uyumlu bir ekibiz :)

24 Haziran

Bugün çalışmalarımız doğrultusunda ortaya çıkan kodları herkes kendi hesabına girerek Pivotal Tracker’a ekledi. Dün yaşadığım sağlık probleminden dolayı bugünlük çalışmalarımızı evden takip etmek zorunda kaldım. Sizlere de bugün uzaktan takibin ne derece sağlıklı olduğunu üzerinde durarak yapılanları anlatacağım. 

23 Haziran

Merhabalar,

  Yine bu haftaya da benim yazımla başlıyoruz ve diğer arkadaşlarımın muhteşem yazılarıyla devam edeceğiz. Bugün stajımızın 11. günü ,tabii hafta sonları çalışmamış varsayarsak, ama biliyoruz ki bu stajda  durmak yok. Hafta sonu da hepsini olmasa da büyük kısmını çalışarak değerlendiriyoruz. Bu yüzden de ben bu yazımda kısacık hafta sonu neler yaptığımdan ve sonrasında da bugün neler yaptığımızdan bahsedeceğim.

Bugüne Kadar

Öncelikle Merhabalar,

 Stajın başladığı ilk günden bugüne geçen süre zarfında diğer arkadaşlarım gün gün neler yaptığımız hakkında gerekli bilgileri detaylı şekilde anlatmaya çalışmışlar o yüzden ben fazla detaya girmeden genel olarak ne yaptığımız hakkında ve bugünü özetle sizlere aktaracağım.

20 Haziran

Bugün ikinci haftamızın sonuna geldik. Bugün Ahmet Raşit Hocamız bizimle değildi ve artık staj ekibi olarak yapmamız gerekenleri kendimiz planlamamız gerekiyordu.

16 Haziran Haftası

Bu hafta gerçek manada programlama yapmaya başladık. Amacımız, ileride kullanacağımız fonksiyonların temelini şimdiden oluşturmak: böylece hem basit fonksiyonlarla deneyim kazanıyoruz, hem de projemizin nasıl yapılacağını kurguluyoruz. Geliştirdiğimiz fonksiyonları GenKök bünyesinde kurduğumuz wiki sisteminde paylaşmaya başladık. UNIX felsefesini benimsiyoruz: tek görevi olan ama onu en iyi şekilde yapan fonksiyonlar. Ayrıca, çevrimiçi bir proje takip sisteminde de gelişmelerimizi ve planlarımızı kaydetmeye başladık.

3 Sykpe görüşmesi gerçekleştirerek ufkumuzu ve bilgi dağarcığımızı genişletecek konuşmalar dinledik. Belçika'da doktora sonrası araştırmacı olarak görev yapan Özdemirhan Serçin, Avusturya'da doktorasını tamamlamak üzere olan Muammer Üçal ve ABD'de yüksek lisansına başlamak üzere olan Şeydanur Tıkır değerli vakitlerinden ikişer saat ayırdı bizler için. Keyifli ve faydalı zaman dilimleriydi bizler için. Hepimiz ilgi alanlarımız ve bakış açılarımız doğrultusunda derslerimizi çıkardık.

19 Haziran - Tuna ve Biz

Merhabalar,

Yoğun bir şekilde devam eden staj programımızdan kaldığımız yerden devam ediyoruz. Yaklaşık olarak çok keyifli ve verimli iki haftayı geride bıraktık. Sizlere payıma düşen kısımdan anlatmaya devam edeceğim :) Bu haftaki yazım için aramıza yeni katılan Burak ve Ceyhun arkadaşımızdan da söz edeceğim. İyi okumalar:)

18 Haziran

İkinci haftamızı da yarıladık. Bol kod yazmakla geçen haftasonu ve iki günümüzden sonra, durup düşünme vakti geldi.Öyle ki bugünümüze, bundan sonra Tuna için hangi kodları yazmalıyızı düşünerek başladık. "GeneCards" insan genomu hakkında bilgi veren bir veritabanı. O da çeşitli veri tabanlarındaki bilgilerin toplanıp karşılaştırılması ve yorumlanması üzerine kurulmuş. "GeneCards"ı referans alarak, elimizdeki bilgilerle başka ne tür hesaplamalar yapabileceğimize kafa yorduk vaktimiz olduğunca. Yani kod yazmaya devam etmeden önce, ne için kod yazacağımıza karar verme vaktimiz geldi.

17 Haziran

Bugün stajımızın 7.gününde neler yaptığımızdan bahsedeceğim.  Her bir arkadaşımın her gün neler yaptığımızı paylaşması ile bir haftayı tamamladık. Bu gün güne Emin ÇAPA’ nın Pazarlama Zirvesi’ndeki sunumu izleyerek başladık. Sunumu izlememizin temel nedeni Emin Bey’ in sunum yapış tarzının gayet etkileyici oluşu ve ondan çok şey öğrenecek oluşumuzdu.  Uzun bir sunum olmasına rağmen zamanın nasıl geçtiğini anlayamadık; kimi zaman bol kahkahalı, kimi zaman beynimizde yeni ufukların açılması ile izlemeye devam ettik. Sunumun sonunda kendi aramızda yaptığımız tartışma da da Emin Bey’in sunumda gözlemlediğimiz özelliklerin hangilerini kendimize katabileceğimiz hakkında fazlasıyla kafa yorduk. Farkındalık için, sunumdan daha fazlasını görebilmek için sizlerin de izlemesini tavsiye ederim.

16 Haziran

Merhabalar,

Bugün stajımızın 2. haftasının ilk günü ve stajdaki 6. günümüz. Bugün Haziran grubu Ceyhun ve Burak arkadaşlarımızın da aramıza katılmasıyla birlikte tamamlanmış oldu ve gördük ki bir haftada gelişen ekip ruhumuz Ceyhun ve Burak'ın da aramıza katılmasıyla daha da pekişecek. Gerçek anlamda birbirimizden çok farklı olmamıza rağmen aramızda oluşan uyum ve hepimizin öğrenme, ortak birşeyler yapma, gezme ve birlikte güzel vakit geçirme konularındaki enerjilerimiz sayesinde stajın sonucunda çok güzel sonuçlar elde edeceğiz gibi görünüyor.

9 Haziran Haftası

Yaz boyunca gerçekleştireceğimiz çalışmaları takip edebileceğiniz blog sayfamıza hoşgeldiniz. Yazıları hazırlarken amacımız, biyoinformatiğe ilgi duyan ve bu alanda kendini geliştirmek isteyenler için bir referans noktası oluşturması ve edindiğimiz deneyimleri paylaşmak. Değerli ekip üyelerimizin her gün yaptığımız çalışmalara ilişkin detayları zaten okuyor olacaksınız, ben de bu çalışmaları mümkün olduğunca özetlemeye çalışacağım.

Haziran grubunu oluşturan Bihter, Cansu, Elif, Mehmet Emre ve Tuğba ile çalışmalarımıza başladık bu hafta, önümüzdeki hafta ise Burak ve Ceyhun ile biraraya geleceğiz. Değerli ekibimin proje, fikir ve paylaşımlarını ayrıca kendi bloglarından da takip edebilirsiniz.

12 Haziran - Stajın Bir Gününe Sığdırabildiklerimiz

Merhabalar,

Bugün Ahmet Raşit Hoca ile staj programımızın 4. günü. Benim için ise 3. gün. Ne kadar staj programı olarak adlandırsak da aslında çok daha fazlası. Bugünkü yazımda amacımızdan ve buna yönelik eğitimimizden bahsederken aynı zamanda fazlalık olarak bahsettiğim ama bir eğitimin parçası olarak görülmesi gereken, Ahmet Raşit Hocamızın büyük emekleri ile şekillenmiş bir eğitim programının sadece 1 günlük sürecinden bahsedeceğim.

10 Haziran

Merhaba,  
                                                                             

Bugün size stajımızın ikinci günü neler öğrendiğimizden bahsedeceğim. Öncelikle DNA'nın kalıtsal bir materyal olduğu 1953 yılında Rosalind Franklin, James Watson ve Francis Crick'in bilim dünyasına katkılarıyla tanımlanmıştır. O dönemlerde "Bir Gen Bir Enzim" hipotezinin oldukça popülerleşmesi ile bir gene etki eden enziminin yapısında oluşan  bir mutasyonun hastalığa neden olduğunu ve bu mekanizma sonucunda tüm hastalıkların nedenlerinin bilinebileceği düşünülmekteydi. Fakat bilimin ilerlemesi ile bu yaklaşımın yanlışlığı gösterildi. Bu nedenle, hastalığa neden olan mekanizmaların neler olabileceği hakkında yeni hipotezler geliştirilmeye başladı. Örneğin, alternatif kırpılma [alternative splicing] sistemi bir genden birden fazla protein üretilmesini sağlar. Genomda bulunan intron ve eksonların alternatif kırpılması ile bir araya gelen genlerin oluşturduğu kombinasyonla birçok protein sentezlenebilmektedir.

11 Haziran

3. günümüze bir bilgisayarın nasıl çalıştığını anlamaya çalışarak başladık. Üstünde durduğumuz konular genel olarak yazılım ve donanım kavramlarıydı. Her gün kullandığımız ya da bir yerlerden duyduğumuz  kelimelerin nereden geldiğini anlamak en keyiflisiydi.