18 Temmuz Cuma - Veri Kaynaklarımız

                                                                                                  Devler gibi eserler bırakmak için , karıncalar gibi çalışmak lazım.

Necip Fazıl KISAKÜREK 

       Merhabalar ,  blogumuzdaki yazıları  acaba yarın ne olacak , ne yazılacak merakıyla takip eden tüm okuyucularımıza , takipçilerimize .

      Bugün güne elimizdeki verilerde incelemeler , hesaplamalar yaptığımız programlama dili olan  pythonda programlar yazarak başladık.Kullandığımız verileri hangi kaynaklardan elde ettiğimizi bugün ayrıntılı bir şekilde inceledik.Örneğin ensembl genom browser sitesinden  birçok canlı türüne ait gen dizilimlerine(genomlara ait bilgiler) ve farklı tür genomlara ait istatistiksel sonuçlara ulaşabilirsiz.

     Bu site üzerinden ise genlerle ilgili bir  çalışma yapmak isterseniz , kullanacağınız verileri biomart sekmesiyle genoma ait exon yapısını , 5 'UTR start ifadesini , orthologs veya paralogs ifadelerini seçip , araştırmanızı  özelleştirebilirsiniz.Daha sonra genoma ait verileri indirdikten sonra , kullanacağımız veri boyutu yüksek miktarda olduğu için , verilerimiz üzerindeki çalışmamızı ,  bir metin editörü olan vi editörüyle başladık.Gene ait bilgilere ulaştıktan sonra , bu gen üzerindeki exon - intron sayılarını ve exon - intron genlerinin hangileri olduğunun çıkarımlarını yaptık. İlk başta genimiz üzerinde tek intronun analizini yaparken , işlemlerimizi daha da geliştirip iki veya üç tane intron üzerinde çalışma yapan programlar yazdık.Temmuz grubu olarak bizler hocamız Burak'tan programlama ile ilgili bu gen analizleri üzerine çalışma eğitimi alırken diğer arkadaşlarımız Django üzerindeki kodlarını daha da verimli kullanmak adına kodlar üzerinde iyileştirmeler yaptılar.

      Gecenin ilerleyen saatlerinde haftalık raporlar yazılarak , wiki hesaplarına eklemeler yaparak , biyoinformatik programlarının az olduğu ülkemizde yüksek lisans başvurularında bulunarak ve belki de en azından fallardan istediğimiz bir gelecek çıkar diye kahve fallarına bakarak , bu günlük de  bu kadar direyek çalışmalarımızı tamamladık.

Birbirimize destek olup başarmak dileğiyle , 

İyi hafta sonları...

Mustafa BAYDOVAN