29 Ağustos 2014 Cuma

28 Ağustos


Merhaba arkadaşlar,

Genom ve Kök Hücre merkezinde 1-3 Eylül tarihleri arasında  " 1st International Advisory Board Meeting " programı düzenlenecek. Bu kapsamda bugün, programa katılacak uluslararası konuşmacılar hakkında sunumlar hazırladık. Herkes bir veya iki konuşmacı hakkında araştırma yapıp bize kısa özgeçmişlerini ve çalışma alanları hakkında hazırladıkları sunumları yaptı. Böylece hepimiz konuşmacılar hakkında bilgi edindik.

28 Ağustos 2014 Perşembe

27 Ağustos

Herkese merhaba,

Son metrelere girdiğimiz şu günlerde oldukça yoğun bir program ile karşı karşıyayız. O kadar çok yapılacak şey var ki günler yetmiyor. Machine learning, sunumlar, yaklaşan etkinlikler, D3, Tuna ve çıkaracağımız kitap bu aralar üzerine ciddi bir şekilde üzerine zaman harcadığımız konular.

27 Ağustos 2014 Çarşamba

26 Ağustos

Merhaba,

Yaz stajı eğitimimiz git gide son şeklini alırken bazı şeyler daha da yerine oturmaya başladı. Bu hafta için de programımızı yaptıktan sonra kaldığımız yerden çalışmaya devam ettik.

Kısaca bu haftaki programımızdan bahsedecek olursam, şu an en önemli görevimiz çıkaracağımız biyoinformatik kitabımız hakkında araştırma yapmak, kitapta neler olması gerektiği üzerinde konuşmak ve biyoinformatik meraklılarına hitap edecek, onların tüm beklentilerini karşılayabilecek güzel bir çalışma ortaya koymak. Bunun için eğitimde kalan tüm stajyelerle birlikte durmadan düşünüyoruz, durmadan ortaya ürün koymaya çalışıyoruz. Sizler için çıkaracağımız kitabımıza maddi olarak yardımda bulunabilecek okuyucularımıza da buradan bir seslenmiş olalım :). Türkiye' de belki de tarzında bir ilk olacak kitabımız, aynı zamanda biyoinformatik kaynaklarındaki Türkçe yetersizliğe karşı güzel bir başlangıç olacak.

26 Ağustos 2014 Salı

25.08.2014 - Az zaman, çok iş...


Herkese merhabalar,

Dışarıda havanın nefes alınamayacak kadar sıcak olduğu şu günlerde, GenKök’ te klimalarımızın altında sabahın erken saatlerinden gecenin ilerleyen saatlerine kadar çalışmalarımıza devam ediyoruz. Stajın son ayında olmamızdan ötürü içimizde bir hüzün olsa da, yetiştirilmesi gereken projelerimiz, bitmesi gereken çalışmalarımız devam ediyor.

23 Ağustos 2014 Cumartesi

22 Agustos - Veriler ve Öğrenme

Merhaba, 

Bugüne Tuna projemizde kullacağımız özellikler için pythonda programlar yazarak başladık. Bu programlar verilen genler üzerinde metin bazlı  işlemler yaparak araştırma yapan kişiye bazı bilgileri veriyor.Tuna projemizde öncelikli amacımız, gen üzerinde yapılan araştırmalara farklı bir pencereden bakmak. Bu hedefimiz doğrultusunda, bugün küçük programlar yazarak projemize sürekli yeni özellikler ekledik.Yazdığımız bu programları kullanarak,  verilen gen üzerinde belirli parçaların ortak özelliklerini ve belirgin noktalarını gözlemleyebiliyoruz.Programlarımızı yazdıktan sonra sırada verilerimizin görselleştirilmesi vardı.Görselleştirme için D3 (Data Driven Documents) sitesini kullandık.D3 bir javascript kütüphanesi ve bu kütüphaneyi HTML,CSS ve Djangoya beraber kullanarak verilerimize hayat veriyoruz.

22 Ağustos 2014 Cuma

21 Ağustos

Merhaba arkadaşlar,


Bugün Machine Learning konusunda online dersleri takip etmeye devam ediyoruz. Stanford Üniversitesi'nden Andrew Ng nin Coursera'daki derslerini takip ederken Ahmet hocamızda bizimle birlikte derslere katılıyor ve kavramakta zorlandığımız noktalarda bize mantığını anlatarak konuyu daha iyi anlamamızı sağlıyor.Machine Learning derslerini izlerken farkettiğimiz bir nokta, elimizdeki verileri iki boyutlu ortama aktararak problemin bir geometri problemine dönüşmesi.


Fikir Bağı

Tekrar merhabalar,

Geçen hafta stajımın bitmesi nedeniyle artık gün içinde neler yaptık, neler öğrendik diye yazamamaktayım. O yüzden bu sefer sizlere beş hafta süren stajımın benim için nasıl geçtiğinden bahsedeceğim. Stajımızın ismi “Biyoinformatik Yaz Stajı”. Fakat bu stajda biyoinformatikten kesinlikle çok daha fazlası var. Öyle ki öğrendiklerimi düşünüp gözden geçirirken bütün bunları beş haftada mı yapmışız diye şaşırıyorum. 

21 Ağustos 2014 Perşembe

11 Ağustos Haftası

11 Ağustos haftası Bayes ve  Django üzerine deneyim kazanıldığı bir haftaydı. Bir önceki hafta başladığımız çalışmayı bu hafta daha da geliştirdik ve çalışan bir web uygulaması geliştirdik. Bayes'i ne kadar önemsediğimden daha önce de bahsetmiştim; bu çalışma Bayes üzerinde daha fazla zaman geçirmek açısından bence gayet güzel bir fırsat. Geliştirdiğimiz analiz yaklaşımını Django ile entegre ederek hem içerik, hem de şekil yönünden olgunlaşmış bir ürün ortaya çıkardık. İstatistiğin mantığını anlamak büyük bir önem arzediyor

Skype konuğumuz olan Yrd. Doç. Dr. Ömer Sinan Saraç da istatistiğin önemini çok güzel bir şekilde vurguladı. Düşüncelerinden ve yaklaşımlarından büyük dersler çıkardığım Sinan Hocamız Machine Learning (Makina Öğrenmesi) konusunda bizlerin iştahını açtı; bu konuda kendimizi geliştirmek için izlediğimiz yolu güncel yazılardan takip ediyorsunuzdur.

20 Ağustos

Herkese Merhaba

Yoğun geçen bir çarşamba günü daha buradayım. Aramıza yeni katılan arkadaşlarımız ve ayrılan arkadaşlarımızın olduğunu diğer arkadaşların yazılarından zaten biliyorsunuz. Son durumda Ahmet Raşit Hoca ile birlikte 9 kişilik bir ekip olduk. Bu son durumda kendimi orta kuşağa dahil ediyorum ve bu konuda oldukça şanslı olduğumu düşünüyorum. Böylece benden önceki ve benden sonraki grubun gözünden olaylara bakabilme fırsatına sahip oluyorum. Bu sayede iki grubun ne düşündüğünü kolayca anlayabiliyorum. Dün staja gelmemiştim ve bugünün planı oldukça güzel bir şekilde yapılmış. Her ne kadar ufak tefek aksaklıklar olsa da elimizden geldiğince programa bağlı bir şekilde ilerledik. Sanırım artık neler yaptığımıza geçebiliriz.

20 Ağustos 2014 Çarşamba

19 Ağustos

Merhaba,

Haziran grubu olarak Burak ile ben, Temmuz grubu olarak da Osman, Mustafa, Hande ve Ayşegül ile eğitimimize devam ederken Ağustos grubu aramıza katıldı. Mehmet Akif ve Hana'nın aramıza katılmasıyla üç farklı grup üç kuşak algısını oluşturdu. 

18 Ağustos 2014 Pazartesi

18.08.2014 - Yenilerin farklılığı...


Herkese yeni bir günden merhabalar,

Blog günümün değişmesiyle artık cumartesi değil pazartesi günlerinde stajımızın nasıl geçtiğini sizlere aktarmaya çalışacağım. Bu pazartesimizde Çağla ve Evrim’in staj sürelerinin sona ermesiyle, özlenecek arkadaş sayımız iyice artmış oldu. Her birinin yerleri çok ayrı ve her biri çok fazla özleniyor. İlk fırsatta tüm grubun bir yerde, bir şekilde, tekrar bir araya gelebilmesi umuduyla... (= Bu günümüzde aramıza katılan iki yeni arkadaşımız var. Sevgili Ağustos grubumuzun üyeleri Hana KAMER ve Mehmet Akif VERAL aramıza katıldıklarına memnun olduğumuz, tatlı ve güzel insanlar hoş geldiniz.

17 Ağustos 2014 Pazar

Bu Hafta

Merhaba arkadaşlar :)


Bu hafta, geçen haftalarda temel mantığını anladığımız Bayes İstatistiği'nin uygulamasını yapmaya koyulduk. Amacımız, yazdığımız yazıları training datası olarak kullanarak, yeni bir yazı yazdığımızda o yazının bize ait olma olasılığını hesaplayan bir Python programı yazmaktı. Buradan yola çıkarak aklımıza bir web uygulaması geliştirmek geldi. "Hangi Biyoinformatik Stajyerisiniz?"

16 Ağustos 2014 Cumartesi

14 Ağustos -

Herkese son yazımdan merhabalar,

Stajımı bu hafta tamamlıyor olmam nedeniyle ortak bloga da son yazımı yazmış oluyorum fakat kişisel bloguma her hafta yazmaya devam edeceğim, oradan takip edebilirsiniz yazılarımı. Buradaki ortamdan ayrılıyorum hissi bu yazımı yazarken çok zor durumda bıraktı beni. Nereden başlasam, nasıl anlatsam burada yaşadıklarımı, hissettiklerimi hiç bilmiyorum, zaten ne kadar yazarsam yaziyim hep eksik olucak. Çünkü bu staj anlatılamaz sadece yaşanabilir :)

15 Agustos - Web Sunucuları

Güne  bayes istatistiği programımızı djangoya uyarlama görevini tamamlamış olarak başladık.Bu görevi bitirdiğimiz anlarda, sabahın ilk ışıkları kendini yeni yeni gösteriyor, güneşin yeni bir güne, yine bir merhaba ile tüm dünyayı selamladığını, Kayseri'nin o saatlerdeki serin havasında hissedebiliyorduk.Birkaç saat dinlendikten sonra yeni bir derse başladık.Sizlere burada özet olarak anlatacağım dersimiz internette yaptığımız araştırmaların ve sorguların nasıl çalıştığı üzerine.

15 Ağustos 2014 Cuma

4 Ağustos Haftası

4 Ağustos haftasında neler yaptığımıza ilişkin yazımı hazırlarken bir taslak çıkardım önce, ve bunca şeyi hangi arada yaptığımıza şaşırdım açıkçası :) Sanırım bu yaz niye bu denli yorucu geçiyor, cevabı burada. Tabii ki bunda en büyük etken, uyumlu, istekli ve gayretli bir ekiple birlikte olmak. Zaten sevdiğimiz şeyleri böyle özel bir ekiple yapmak çok daha eğlenceli hale geliyor.

Haftaya Temmuz Grubu'nun Django ile tanışmasıyla başladık, böylece tüm ekip Tuna Projesi üzerinde çalışmaya hazır gelecek. Django'nun neye benzediğini önceki yazılardan takip etmişsinizdir. TED'de Stephen Wolfram'ın bir konuşmasını dinledik. Wolfram'ın "A New Kind of Science" adlı kitabıyla lisans 2. sınıfta tanışmıştım ve yaklaşımından çok etkilenmiştim. Bu yaklaşımı şöyle özetleyebiliriz: bir insana ait herhangi bir biyolojik durum aşırı şekilde karmaşık gelebilir, ancak eninde sonunda sınırlı sayıda genin veya biyolojik molekülün etkileşimiyle ortaya çıkmıştır. Bu etkileşimleri tanımlayamadığınız sürece sadece anlık durum odaklı bakış bence bizi pek de bir yere götürmüyor. Zaten bu nedenle kanser gibi kompleks hastalıklara çare bulamıyoruz, sanırım uzun süre de bulamayacağız. Çalışmalarımıza başladığımız ilk hafta da bunun üzerine konuşmuştuk ve mevcut bilimsel paradigmanın artık değişmesinin zamanı geldiğini düşündüğümü ifade etmiştim. Tam olarak nasıl ve nereye doğru değişmesi hakkında berrak bir fikrim yok henüz, ancak ortak akla inanıyorum, ve umarım çok da uzakta olmayan bir zaman diliminde bu değişim başlar ve etkili hale gelir. Dünyayı gerçekten anlamaya başlamak güzel olurdu :)

14 Ağustos 2014 Perşembe

ÜTOPYA

Yine merhabalar,

Yazının başlığını koyarken abartıyor muyum diye birkaç kez düşündüm ama bu düşünmeler sonunda anladım ki abartmıyormuşum. Haziran'ın ikinci haftası başladığımız ve benim için geçen hafta son bulan, yaklaşık iki buçuk aylık staj döneminde olup bitenleri becerebildiğim kadar anlatmak istiyorum bugün.

13 Ağustos

Herkese Merhabalar,

Yine koşuşturma ile geçen günlerde, son haftanın odak noktası Bayes teoremi oldu. Diğer arkadaşlarımızın yazılarında da gördüğünüz üzere oldukça karışık olan Bayes teoremini Python ile birleştirmek bizleri oldukça zorladı.  Yapabilmek için önce Bayes teoremini süzgeçten geçirdik ve daha sonra bunu zor olsa da Python ile birleştirdik. Geçen hafta Elif’ in de gitmesi ile artık Çarşamba günü sadece ben yazmaya başlayacağım. Grubumuzun giderek küçülmesi aslında bizler için zor olsa bile arkadaşlarımızın en azından uzaktan yaptığımız çalışmalara dahil olabilecek olması oldukça güzel.

13 Ağustos 2014 Çarşamba

12 Ağustos

Merhaba,

Eğitimimizin bu son haftasında sanırım son blog yazımı gerçekleştirmiş olmanın garip hissiyle yazıma başlıyorum. Eğitime başlayalı 2 aydan uzun bir süre oldu. Bu 2 ay dolu dolu geçtiğini yazdıklarımızı takip edenler farkındadır diye düşünüyorum. Gelelim bugün neler yaptığımıza...

Yine her Salı olduğu gibi güne Skype görüşmesi ile başladık. Ömer Sinan Saraç ile gerçekleştirdiğimiz bağlantımızda kendisini tanıyarak zamanımızı doldurmaya başladık. Lisans eğitimi Bilgasayar Mühendisliği olan Sinan Bey, yüksek lisansta robotik üzerine çalışırken asıl isteğinin bilişsel [cognitive] bilim olması üzerine bir de biyolojiyi sevdiğinden dolayı doktorada biyoinformatik alanını tercih ediyor. Biyoinformatik anlatırken konuya hakim oluşu ve heyecanınından dolayı yaptığı tercihten ne kadar keyif aldığını görebiliyoruz. Şuan İTÜ' de hoca olan Sinan Bey' in yüksek lisans programı için biyoinformatik dersi vereceğini de belirtmeden geçmeyeyim.

12 Ağustos 2014 Salı

12 Ağustos

Herkese merhaba,

Geçen haftadan itibaren Bayes teoremi ile uğraştığımızı fark etmişsinizdir. Bu istatistik yöntemini kullanarak sosyal medyada karşılaşabileceğiniz cinsten bir test oluşturmaya çalışıyoruz. Bu testimizde ortak blog yazılarımızla oluşturduğumuz verilerden yola çıkarak, yeni bir yazı girdiğinizde bunun ekibimizden hangisinin yazısına benzediğini bulmaya çalışıyoruz. Bugün de yine bu testimizi oluşturacak kod üzerinde çalıştık. Starbucks'a gidip yine en büyük masayı kaptık ve büyük oranda bitmiş olan kodumuzdaki fonksiyonların, parametrelerin adını ilk kez bakan bir kişinin de kolayca anlayabileceği şekilde değiştirmeye başladık. Açıkçası kodu yazmak kadar zor oldu bu aşama. Çünkü bir parametreyle kodun farklı yerlerinde tekrar tekrar karşılaşabiliyorsunuz ve ismini değiştirdiğiniz parametreleri bir süre sonra takip etmek zorlaşıyor. Bu aşamayı da atlattıktan sonra geriye testimizi bir web sayfasında işler hale getirmek kaldı. Onu da yaptık mı bu ödevimizi tamamlamış olacağız.

11 Ağustos 2014 Pazartesi

Bayes İstatistiği İle Kod Yazımı

Merhabalar...

Yapılması gerekenlerin listesi ve kaygısıyla bugünü erken saatlerde başlattık.

9 Ağustos 2014 Cumartesi

09.08.2014 -VİRÜS


Herkese merhabalar

Bayram tatilimizin dönüşündeki ilk hafta sonumuzdan sizlere aktaracaklarımın başında biyoinformatik stajyerlerinin mesai dışında bile çok çalışıyor olması geliyor. Malum Türkiye şartlarında 5 dakikalık bile olsa fazla süre çalışmak standart devlet memurları için oldukça zor bir şey. Bizi yetiştirenlerin kanındaki o ‘çalışma aşkı’ virüsü bizlere de artık bulaşmış durumda. Belki de bir çocuğun ilk olarak onu büyüten yetiştiren kişilere benzemesi, onları örnek alması gibi diyebilirim.

8 Agustos - Bayes Evreni

İstatistik dersi grip aşısından daha sevimli değildir
 ama en az onun kadar yaralıdır.
Paul NEWBOLD    


    Bugün istatistik üzerine bol beyin fırtınası yaptığımız, buna ek olarak yeni bir probleme çözüm üretmeye çalıştığımız bir günü daha geride bıraktık.Güne öncelikle bu blogumuzda yayınlanan yazıları kaynak alarak, istatiksel  bir yöntem kullanıp, bu blogumuzdaki herhangi bir yazının, blog yazarlarımızdan kime ait olduğunu tahmin edecek bir sistem üretme girişimiyle başladık.

8 Ağustos 2014 Cuma

7 Ağustos

Herkese merhabalar,

7 Ağustos gününe Elif arkadaşımızın Unix felsefesi sunumu ile başladık ve ardından temmuz grubu olarak Tuna projesine dahil olma heyecanını yaşadık. Bu güne; verileri görselleştirme ödevlerimiz hakkında konuşarak, ODTÜ Enformatik Enstitüsü Başkanı Yeşim Aydın Son ile skype görüşmesi yaparak ve "Survior" videosu çekimi ile devam ettik. Kapanışı da yine Elif'in bir sunumu olan "Uzun Kuyruk Kavramı" ile yaptık. Şimdi detaylar :)


7 Ağustos 2014 Perşembe

6 Ağustos

Yeniden merhabalar,

Gitmeden önceki son günlerimde nasılsa iki gün sonra uyurum demenin şuanki uykusuzluğu var :) O kadar çok şey yaptık ki bugün yine, hiçbir şey arada kaynamasın diye blogda anlatacaklarımızı paylaşmaya karar verdik Osman'la : BAYES çalışmamız, yeni ve en birlikte Starbucks maceramız, peşine düştüğümüz küçük bir hesaplama ve doğum günü kutlamalarımız bende :)

6 Ağustos 2014 Çarşamba

6 Ağustos

Uzun bir aradan sonra herkese merhaba,


Bir haftalık aradan sonra çok hızlı bir şekilde giriş yaptığımız hafta bizler için çok yorucu geçiyor diyebilirim. Saat şuan 02.30 ve ben eve yeni geldim ve yazımı yazmaya başladım. Artık günler yetmiyor diyebilirim. Bu cümleyi daha önceleri başkalarından duyduğumda benim için bir anlam ifade etmiyordu ama şuan anlıyorum ki bu gerçekten de oluyormuş. Bundan sonrasında beni bekleyen ve yarına yetiştirilmesi gereken bir görüntüleme işlemi var. Diğer arkadaşlarımın yazılarında da okumuşsunuzdur temmuz grubu için bu ara birde Django sorunu başladı.  Bu hafta zamanımızın büyük bir kısmını diğer programlama mantıklarından biraz daha farklı bir mantığa sahip olan Django'ya ayıracağız. Bakalım bu işlerin içinden anlımızın akıyla çıkabilecek miyiz?

5 Ağustos

Merhaba,

Bayram tatilinden sonra yeniden GenKök'te buluştuk, kaldığımız yerden hızlı bir şekilde çalışmaya başladık. Haziran grubu biraz kendi kişisel projelerine biraz da ortak projeleri üzerine çalışırken Temmuz grubu ise Django ile tanıştı. Django ile çalışırken onlar da bizim gibi aynı kitap üzerinden uygulamaya başladılar. Tabi bu sefer daha şanslıydılar, biz Django'nun neredeyse tüm sürümlerini deneyerek ve bir sürü Django kitabını deneyerek uygulamamıza rağmen Temmuz grubu bizim deneyimlerimizle doğru kitaptan uygulamaya hızlı bir şekilde başladılar. Umarım bu fırsatı avantaja çevirip bir an önce bize yetişirler. Bir de Django için Temmuz grubu kendi bilgisayarlarına Ubuntu işletim sistemini yüklediler. 

5 Ağustos 2014 Salı

5 Ağustos

Yeniden merhabalar,

Stajımıza kaldığımız yerden tüm hızıyla devam ediyoruz. Dün Temmuz grubu olarak Django'yu öğrenmeye başladık. Bu çabamız elbette ki bugün de sürdü. Django öğrenmenin ne kadar sıkıntılı bir süreç olduğunu Haziran grubundaki arkadaşlarımızın yazılarından takip etmişsinizdir belki. Biz de yaşadıkları problemlere bizzat şahit olmuş ve Django öğreneceğimiz günün gelmesini biraz tedirginlikle bekler olmuştuk. İşte o gün geldi çattı ve benzer problemleri, Haziran grubu kadar olmasa da, biz de yaşamaktayız. Django'yu uygulayarak öğreten bir kitabı harfiyen takip etmemiz bile en sonunda hatalı sonuç almamıza engel olmayabiliyor. Bu durumda kitaba baştan başlayıp kodları tekrar yazıyor ve sonucunda birkaç hatamızı görüp düzeltebilir hale geliyoruz. Böyle geçen iki günün ardından başlık ve içine bir şeyler yazabileceğimiz kutucuğun bulunduğu bir sayfa oluşturmayı başarabildik. Fakat Django ile maceralarımız devam edecek.

4 Ağustos 2014 Pazartesi

Merhaba Django

Merhabalar...

Heyecan ve mutlulukla gözlerimizi açtık. Bayram tatilimiz bitti. Biyoinformatik yaz staj grubu küçük bir aradan sonra tekrar bir araya geldi. Aramızdan ayrılan bazı arkadaşlarımız oldu. Yoklukları çok belliydi. "Emre, Fatma, Cansu ve Ceyhun"  aramızda olmasanız da burada çok güzel anılarla anılıyorsunuz emin olun. :)